Fils de l’architecte Jean-Pierre Cluysenaar, auteur des célèbres Galeries royales Saint-Hubert et de la Galerie Bortier ainsi que du Conservatoire royal de Bruxelles, il est élève de François-Joseph Navez à l’Académie royale des Beaux-Arts de Bruxelles de 1855 à 1857. Il poursuit ensuite ses études à Paris. Auteur de portraits, il rêvait de rénover la peinture monumentale d’histoire, sans pour autant obtenir de commandes. En 1892, il crée l’Académie de Dessin, d’Architecture, de Peinture, de Modelage et d’Art Industriel de Saint-Gilles et en est le premier directeur. Il conçoit la peinture du plafond de l’escalier d’honneur de l’hôtel de ville qui, après sa mort, sera réalisé par son fils André Cluysenaar avec la collaboration de Jacques de Lalaing.